Patologia digitale con il servizio DICOM

Articolo
05/21/2024

L'imaging digitale in patologia offre un modo per condividere immagini all'esterno del lab, eseguire il training di modelli di intelligenza artificiale/MACHINE e archiviare diapositive di microscopio digitalizzato.

Per ottenere questi vantaggi, molte organizzazioni convertono diapositive digitali WSI (Whole Slide Imaging) in formato STANDARD DICOM®. Dopo che le immagini sono in formato DICOM, è possibile archiviarle in sistemi PACS disponibili commercialmente in cui possono essere gestite usando strumenti e processi di radiologia comuni.

Servizio DICOM per patologia digitale

Il servizio DICOM supporta requisiti di patologia digitale univoci, ad esempio:

Scalabilità e prestazioni necessarie per caricare istanze DICOM di patologia con dimensioni multiple.
Accesso veloce ai fotogrammi per consentire al visualizzatore Web di eseguire la panoramica e lo zoom delle immagini di patologia DICOM senza ritardi o sfocatura.
Un modo conveniente per archiviare immagini post-diagnosi a lungo termine per l'archiviazione e la ricerca.

Digitalizzazione

Anche se lo standard DICOM supporta ora immagini di diapositive intere (WSI), molti scanner di acquisizione non acquisiscono immagini nel formato DICOM. Il servizio DICOM supporta solo le immagini nel formato DICOM, pertanto è necessaria una conversione di formato per WSI in altri formati. Esistono diverse soluzioni commerciali e open source per eseguire queste conversioni di formato.

Ecco alcuni esempi di strumenti open source per creare un convertitore personalizzato:

WSIDicomizer

Storage

Ogni WSI convertito genera una serie DICOM con più istanze.

Caricamento batch

Considerando le dimensioni maggiori e il numero di istanze che devono essere caricate, è consigliabile caricare in batch ogni serie o un batch di WSI convertiti usando l'importazione.

Caricamento in streaming

Se si desidera caricare ogni file durante la conversione, usare la richiesta a parte singola STOW nell'esempio.

Prerequisiti

curl -X POST \
    -H "Content-Type: application/dicom" \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/dicom+json" \
{service-url}/{version}/studies \
    --data-binary {dcmFile}.dcm

È stato testato il supporto di decine di GB di caricamento in pochi secondi.

Recupero

I visualizzatori recuperano i riquadri archiviati come frame in un'istanza DICOM. Ogni istanza DICOM può contenere più fotogrammi. È consigliabile usare un frame GET a parte singola parallela per ottenere prestazioni migliori.

Prerequisiti

curl -X GET \
    -H "Authorization: Bearer {token}" \
    -H "Accept: application/octet-stream; transfer-syntax=*" \
{service-url}/{version}/studies/{studyInstanceUid}/series/{seriesInstanceUid}/instances/{sopInstanceUid}/frames/{frameNumber} \
    --output {fileName}

È stato testato il download del download di 60 Kb in circa 60-70 ms dal client.

Visualizzatori

È consigliabile usare qualsiasi visualizzatore WSI che può essere configurato con un servizio DICOMWeb e l'autenticazione OIDC.

Visualizzatore open source di esempio:

Se il visualizzatore interagisce direttamente con il servizio DICOM, seguire le linee guida CORS.

Trovare un partner ISV

dicom-support@microsoft.com Contattare se si vuole collaborare con gli ISV partner che forniscono soluzioni end-to-end e supporto.

Passaggi successivi

Distribuire il servizio DICOM in Azure

Usare le API DICOMweb con il servizio DICOM

Nota

DICOM® è il marchio registrato della National Electrical Manufacturers Association per le sue pubblicazioni Standard relative alle comunicazioni digitali delle informazioni mediche.

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