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Usare Trasformazioni OMOP nelle soluzioni per dati sanitari

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Nota

Questo contenuto è in fase di aggiornamento.

La funzionalità Trasformazioni OMOP nelle soluzioni per dati sanitari prepara i dati per l'analisi standardizzata attraverso gli standard di community aperti OMOP (Observational Medical Outcomes Partnership). Per altre informazioni sulla funzionalità e su come distribuirla e configurarla, vedi:

Trasformazioni OMOP è una funzionalità facoltativa delle soluzioni per dati sanitari in Microsoft Fabric.

Prerequisiti

Prima di eseguire la pipeline di Trasformazioni OMOP, assicurati di completare i seguenti passaggi:

Servizio di inserimento OMOP

Quando esegui la pipeline di dati del servizio di inserimento OMOP, vengono creati output di tabelle delta che puoi visualizzare usando endpoint SQL.

Output di tabella delta CDM OMOP

In questa sezione vengono descritti gli output delle tabelle delta CDM OMOP previsti in seguito all'esecuzione del servizio.

  • Il servizio trasforma sia i dati FHIR flat che l'estrazione DocumentReference FHIR (note cliniche non strutturate) persistita nel lakehouse Silver. I dati trasformati vengono scritti come tabelle delta OMOP in Azure Data Lake.

  • Il servizio Text Analytics for Health supporta l'estrazione dell'output di elaborazione del linguaggio naturale (NLP) dal contenuto DocumentReference per eseguire il mapping alla tabella NOTE_NLP OMOP. Per altre informazioni su questo servizio, vedi Arricchimento delle note cliniche non strutturate: trasformazione OMOP trasformazione.

  • Il servizio trasforma i dati di riferimento dal sistema di codice FHIR, da codici e codeable concept in concetti OMOP usando tabelle di vocabolario OMOP.

  • L'archiviazione dei dati OMOP in formato delta aperto gestisce la cronologia degli aggiornamenti, consente percorsi temporali e fornisce prestazioni di query sui filtri recuperando il parametro last_updated_date più recente in un record.

Query di esempio

È possibile eseguire la query di esempio seguente per visualizzare tutti gli aggiornamenti apportati al parametro person_id selezionato. La query deve recuperare le prime 10 righe (o meno) dalla tabella Person aggiornata nel corso di un periodo. Regola la query in base al nome del parametro omop_database_name Gold nel tuo ambiente. Ricordati inoltre di sostituire o aggiornare il parametro person.id con un valore valido disponibile nel set di dati trasformato da Silver a Gold.

SELECT TOP (10) * FROM [gold_omop].[dbo].[person]
Where [person].[id] = 'de259065a2ff4d5a87b764abf33408bd1b2c8c50'

Mapping FHIR a OMOP

I mapping FHIR a OMOP iniziali si basano sulle linee guida internazionali HL7 come segue:

Risorsa dominio FHIR Tabella OMOP Notes
paziente PERSON
Azienda CARE_SITE
condizione CONDITION_OCCURRENCE
Paziente DEATH Se patient.deceased è popolato
Procedura DEVICE_EXPOSURE Se procedure.focaldevice non è null
Medicationrequest DRUG_EXPOSURE
indirizzo LOCATION patient.address e organization.address
Osservazione MEASUREMENT Se observation.category è un laboratorio
Documentreference NOTA
Documentreference NOTE_NLP L'output di Text Analytics for Health dalla nota non strutturata documentreference
Osservazione OBSERVATION Se observation.category non è un laboratorio
Procedura PROCEDURE_OCCURRENCE Se procedure.focaldevice è null
Operatore PROVIDER
Incontro VISIT_OCCURRENCE

Riferimenti alla community OMOP