ActiveDirectoryの管理用テンプレートの更新による影響

以前管理用テンプレートの更新していて既に「Sysvol>....Policies」の配下に「PolicyDefinitions」が存在する場合、現存する「PolicyDefinitions」をどこかのフォルダーにバックアップをとっておけばそのまま上書きをしても問題ないでしょうか。

問題ありません。

上書きをした場合、現行で適用しているポリシーの割り当てが外れたりしまうという事象は発生しますでしょうか。

そのようなことは発生しません。

ポリシー テンプレートはポリシーの実体ではなく、ポリシーを（ヒューマン リーダブルな形で）編集するための文字通りの「テンプレート」なので、同じポリシーに対して異なるテンプレートを使って編集することも可能です。

セントラル ストアを構成している場合でも、それとは異なるテンプレートがあるクライアントで、クライアントにあるテンプレートを使ってポリシーを編集できることが以下の記事に書かれています。

• セントラル ストアの代わりにローカル ADMX/ADML ファイルを使用する

チャブーンです。

すでにほかの方から回答が出ていますが、管理用テンプレートファイルの変更で「グループポリシーの設定」は破損、変更されることはありません。

グループポリシーの設定の中身である"registry.pol"は、編集ツール等で編集されない限り、中身は変更されません。管理用テンプレートファイルは編集ツール[gpedit.msc]の編集メニューを定義するファイルで、中身とは別物なので、影響を受けることはない、という意味になります。