Microsoft Genomics: perguntas comuns

No arquivo config.txt do serviço Microsoft Genomics, especifique o process_name para gatk4. Observe que você será cobrado de acordo com as taxas de faturamento regulares.

Você pode compactar a saída vcf ou gvcf usando um argumento opcional para compactação de saída. Isso equivale a executar -bgzip seguido pela -tabix saída vcf ou gvcf, para produzir .gz arquivos (saída bgzip) e .tbi (saída tabix). bgzip Compacta o arquivo VCF ou gvcf e tabix cria um índice para o arquivo compactado. O argumento é um booleano, que é definido como false por padrão para a saída vcf e por padrão para a true saída gcvf. Para usar na linha de comando, especifique -bz ou --bgzip-output como true (execute bgzip e tabix) ou false. Para usar esse argumento no arquivo config.txt, adicione bgzip_output: true ou bgzip_output: false ao arquivo.

A Microsoft garante que o serviço Microsoft Genomics estará disponível 99,9% do tempo para receber pedidos de API do fluxo de trabalho. Para obter mais informações, consulte SLA.

A Microsoft Genomics fatura com base no número de gigabases processadas por fluxo de trabalho. Para obter mais informações, veja os Preços.

Você pode obter uma lista completa de comandos e argumentos disponíveis executando msgen help. Se nenhum outro argumento for fornecido, ele mostrará uma lista de seções de ajuda disponíveis, uma para cada um dos submit, list, cancele status. Para obter ajuda para um comando específico, digite msgen help command, por exemplo, msgen help submit lista todas as opções de envio.

Os comandos mais comumente usados são argumentos para o msgen cliente incluem:

Aceda ao portal do Azure e abra a página da sua conta Genomics. No título Gerenciamento, escolha Teclas de acesso. Lá, você encontra o URL da API e suas chaves de acesso.

Aceda ao portal do Azure e abra a página da sua conta Genomics. No título Gerenciamento, escolha Teclas de acesso. Lá, você encontra o URL da API e suas chaves de acesso.

Você precisa de duas chaves de acesso caso queira atualizá-las (regenerá-las) sem interromper o uso do serviço. Por exemplo, se você quiser atualizar a primeira chave, deverá fazer com que todos os novos fluxos de trabalho usem a segunda chave. Em seguida, aguarde até que todos os fluxos de trabalho usando a primeira chave terminem antes de atualizar a primeira chave.

Sua chave de conta de armazenamento é usada para criar tokens de acesso de curto prazo para o serviço Microsoft Genomics ler seus arquivos de entrada e gravar os arquivos de saída. A duração padrão do token é de 48 horas. A duração do token pode ser alterada com a -sas/--sas-duration opção do comando submit, o valor é em horas.

N.º A Microsoft Genomics não armazena dados de clientes.

Estas referências são suportadas:

O msgen compreende os arquivos de configuração no seguinte formato:

• Todas as opções são fornecidas como pares chave-valor com valores separados das chaves por dois pontos. O espaço em branco é ignorado.

• As linhas que começam com # são ignoradas.

• Qualquer argumento de linha de comando no formato longo pode ser convertido em uma chave removendo seus traços principais e substituindo traços entre palavras por sublinhados. Aqui estão alguns exemplos de conversão:

  Argumento de linha de comando	Linha do arquivo de configuração
  -u/--api-url-base https://url	api_url_base:https://url
  -k/--access-key KEY	access_key:CHAVE
  -pa/--process-args R=B37m1	process_args: R-b37m1

Próximos passos

Use os seguintes recursos para começar a usar o Microsoft Genomics:

• Comece executando seu primeiro fluxo de trabalho por meio do serviço Microsoft Genomics. Executar um fluxo de trabalho através do serviço Microsoft Genomics
• Envie seus próprios dados para processamento pelo serviço Microsoft Genomics: FASTQ | BAM | emparelhado Múltiplo FASTQ ou BAM