Funktion DICOM-Datentransformation in Datenlösungen für das Gesundheitswesen bereitstellen und konfigurieren
DICOM-Datentransformation ermöglicht es Ihnen, die Pipeline zur Erfassung von Bilddaten zu verwenden und Ihre DICOM-Daten (Digital Imaging and Communications in Medicine) zu OneLake zu bringen. Sie können diese Funktion nach der Bereitstellung von Datenlösungen für Gesundheitsdaten in Ihrem Fabric-Arbeitsbereich und der Funktion „Datengrundlagen für das Gesundheitswesen“ einrichten.
Die DICOM-Datentransformation ist eine optionale Funktion in Datenlösungen für das Gesundheitswesen in Microsoft Fabric. Sie haben die Flexibilität zu entscheiden, ob Sie es verwenden möchten oder nicht, abhängig von Ihren spezifischen Anforderungen oder Szenarien.
Anforderungen
Datenlösungen für das Gesundheitswesen in Microsoft Fabric bereitstellen
Installieren Sie die grundlegenden Notebooks und Pipelines unter Datengrundlagen für das Gesundheitswesen bereitstellen.
Stellen Sie die DICOM-Bildgebungs-Beispieldaten wie unter Bereitstellen von Beispieldaten erläutert.
Stellen Sie die OMOP Transformationspipeline bereit und konfigurieren Sie sie (optional). Ausführliche Informationen finden Sie unter:
DICOM-Datentransformation bereitstellen
Sie können die Funktion und die zugehörigen Beispieldaten mithilfe des Setup-Moduls bereitstellen, das unter Datenlösungen für das Gesundheitswesen: Datengrundlagen für das Gesundheitswesen bereitstellen erläutert wird. Alternativ können Sie die Beispieldaten auch später bereitstellen, indem Sie die Schritte unter Bereitstellen von Beispieldaten ausführen. Für diese Funktion wird das Beispieldataset 340ImagingStudies verwendet.
Wenn Sie das Setup-Modul nicht zum Bereitstellen der Funktionalität verwendet haben und stattdessen die Kachel der Funktionalität verwenden möchten, gehen Sie folgendermaßen vor:
Rufen Sie die Homepage für Datenlösungen für das Gesundheitswesen in Fabric auf.
Wählen Sie die Kachel DICOM-Datentransformation aus.
Auf der Funktionsseite wählen Sie im Arbeitsbereich bereitstellen aus.
Die Bereitstellung kann einige Minuten dauern. Schließen Sie die Registerkarte oder den Browser nicht, während die Bereitstellung ausgeführt wird. Während Sie warten, können Sie in einer anderen Registerkarte arbeiten.
Nach Abschluss der Bereitstellung wird eine Benachrichtigung in der Meldungsleiste angezeigt.
Wählen Sie in der Meldungsleiste die Option Funktion verwalten aus , um zur Seite Funktionsverwaltung zu gelangen.
Hier können Sie die mit der Funktion bereitgestellten Artefakte anzeigen, konfigurieren und verwalten.
Artefakte
Die Funktion installiert die folgenden beiden Notebooks und eine Datenpipeline in Ihrer Datenlösungsumgebung für das Gesundheitswesen:
| Artefakt | typ | Eigenschaft |
|---|---|---|
| healthcare#_msft_imaging_dicom_extract_bronze_ingestion | Notizbuch | Verwendet das MetadataExtractionOrchestrator-Modul in der Bibliothek für Datenlösungen für das Gesundheitswesen, um die DICOM-Metadaten aus DCM-Dateien zu extrahieren. Die Metadaten werden dann in der ImagingDicom Deltatabelle im bronzenen Lakehouse gespeichert. |
| healthcare#_msft_imaging_dicom_fhir_conversion | Notizbuch | Verwendet das MetadataToFhirConvertor-Modul in der Bibliothek für Datenlösungen für das Gesundheitswesen, um die DICOM-Metadaten in der Bronze-Delta-Tabelle zu konvertieren. Der Konvertierungsprozess umfasst die Transformation von Metadaten aus der ImagingDicom Tabelle in die FHIR ImagingStudy -Ressource im FHIR R4.3-Format. Die Ausgabe wird als NDJSON-Dateien gespeichert. |
| healthcare#_msft_imaging_with_clinical_foundation_ingestion | Datenpipeline | Führt nacheinander die folgenden Notebooks aus, um klinische FHIR NDJSON-Daten und DICOM-Bilddaten in Deltatabellen im bronzenen Lakehouse aufzunehmen und die Daten dann in das silberne Lakehouse zu reduzieren: • msft_raw_process_movement: Orchestriert die Dateibewegung vom Ordner Ingest in den Ordner Process und stellt das Vorhandensein aller Dateinamen im Ordner Process sicher. • msft_Imaging_dicom_extract_bronze_ingestion: Extrahiert Metadaten (DICOM-Tags) aus den aufgenommenen DICOM-DCM-Dateien. • msft_Imaging_dicom_fhir_conversion: Konvertiert die Metadaten in die FHIR-Darstellung von ImagingStudy im NDJSON-Format. • msft_fhir_ndjson_bronze_ingestion: Erleichtert die Aufnahme von FHIR- und ImagingStudy NDJSON-Daten in Deltatabellen innerhalb der Bronze Lakehouse. • msft_bronze_silver_flatten: Transformiert und flacht die Daten vom bronzenen Lakehouse ab und nimmt die Daten in das silberne Lakehouse auf. |
Die Notebooks für die DICOM-Datentransformation werden mit vorkonfigurierten Werten bereitgestellt, die zum Ausführen der zugehörigen Datenpipeline erforderlich sind. Einige Konfigurationsparameter erben von der globalen Konfiguration. Standardmäßig wird von Ihnen nicht erwartet, dass Sie Änderungen an den Notebook-Konfigurationsdateien vornehmen. Bei Bedarf können Sie das Notebook öffnen und die Konfiguration überprüfen.
Imaging-Beispieldaten
Die mit Datenlösungen für das Gesundheitswesen bereitgestellten Beispieldaten enthalten die Beispieldatasets für Imaging zum Ausführen der Pipeline für die DICOM-Datentransformation. Sie können auch die Datentransformation und den Fortschritt durch die Bronze-, Silber- und Gold-Lakehouses erkunden. Die bereitgestellten Imaging-Beispieldaten zu Ansprüchen sind möglicherweise nicht klinisch aussagekräftig, aber sie sind technisch vollständig und umfassend, um die Imaging-Fähigkeiten der Lösung zu demonstrieren. Um auf die Beispieldatenordner zugreifen zu können, stellen Sie sicher, dass Sie das Imaging-Beispieldataset 340ImagingStudies herunterladen, wie unter Bereitstellen von Beispieldaten erläutert.
Bereitstellen von DICOM-API in Azure Health Data Services
Wichtig
Befolgen Sie diesen Bereitstellungsabschnitt nur, wenn Sie den DICOM-Dienst in Azure Health Data Services verwenden.
Azure Health Data Services ist eine cloudbasierte Lösung, die Ihnen bei der Erfassung, Speicherung und Analyse von Gesundheitsdaten aus verschiedenen Quellen und Formaten hilft. Es unterstützt verschiedene Standards für das Gesundheitswesen, wie z. B. DICOM. Der DICOM-Dienst (Teil von Azure Health Data Services) ist eine Cloud-basierte Lösung, die es Gesundheitsorganisationen ermöglicht, medizinische Bildgebungsdaten sicher und effizient mit allen webfähigen DICOM-Systemen oder -Anwendungen zu speichern, zu verwalten und auszutauschen.
Die DICOM-Datentransformation in Datenlösungen für das Gesundheitswesen verfügt über eine native Integration mit dem DICOM-Dienst. Wenn Sie den DICOM-Dienst bereits verwenden, können Sie auch die Bildanalysefunktionen in Datenlösungen für das Gesundheitswesen verwenden. Durch diese native Integration entfällt die Notwendigkeit der manuellen Integration von Datasets zwischen den beiden Diensten. Sie müssen die DICOM-Dateien nicht in die OneLake-Aufnahmeordner kopieren oder verschieben. Stattdessen können Sie eine OneLake-Verknüpfung zu Azure Data Lake Storage Gen2 für den DICOM-Dienst Azure Health Data Services erstellen. Weitere Informationen zum Einrichten der Data Lake-Integration finden Sie unter:
- Verwalten Sie medizinische Bilddaten mit dem DICOM-Dienst und Azure Data Lake Storage
- Stellen Sie den DICOM-Dienst mit Azure Data Lake Storage bereit.
Weitere Informationen zu dieser Aufnahmepipeline finden Sie unter Option 2: Integration mit dem DICOM-Dienst. Alternativ können Sie in Ihrem Azure Data Lake Storage Gen2-Speicher gespeicherte DICOM-Dateien aufnehmen, ohne den DICOM-Dienst Azure Health Data Services zu verwenden.