Compartilhar via

Usar os notebooks de exemplo com Transformações OMOP nas soluções de dados de serviços de saúde

  • Artigo

Observação

Esse conteúdo está sendo atualizado no momento.

Esta seção mostra dois cenários de exemplo de OMOP (Observational Medical Outcomes Partnership). Esses cenários refletem investigações comuns de pesquisa clínica conduzidas pela comunidade OMOP em relação à exposição a medicamentos primários e secundários em populações de pacientes. De uma perspectiva de tempo de valorização, ele demonstra a rapidez com que você pode visualizar os resultados analíticos em seu espaço de trabalho do Fabric. Você pode obter essa visualização executando os notebooks de exemplo depois que os pipelines de dados preencherem os dados clínicos FHIR (Fast Healthcare Interoperability Resources) nos lakehouses prata e ouro, respectivamente.

Pré-requisitos

Antes de executar os notebooks de exemplo healthcare#_msft_omop_drug_exposure_era_sample e healthcare#_msft_omop_drug_exposure_insights_sample, verifique se você tem os seguintes requisitos:

Cenário de exemplo

Os cenários de exemplo visam identificar coortes de pacientes estratificadas por sexo e idade que são expostos a um medicamento secundário durante um determinado período enquanto tomam o mesmo medicamento primário. O processo inclui as seguintes etapas:

  • Estratificar a população de pacientes por sexo e idade.

  • Identificar o medicamento (por exemplo, insulina NPH, humana 70 UNT/ML/insulina, regular, humano 30Unit) tomado pela população de pacientes durante um período de um ano, pelo menos uma vez.

    Se não houver dados suficientes, considere usar um período de cinco anos.

  • Identifique outro medicamento (o segundo medicamento) ao qual a mesma população de pacientes está exposta durante o mesmo período.

  • Plotar a distribuição da exposição secundária a drogas entre os estratos de gênero.

  • Gere os registros e visualize a distribuição como um gráfico de histograma.

Dica

Os cenários de exemplo fazem referência aos script de exemplo de períodos de medicamento da OHDSI e às consultas de exposição a medicamentos OMOP. Você pode revisar esses recursos para saber mais sobre exemplos semelhantes publicados pela comunidade OMOP.

Entradas de execução do notebook de exemplo

O objetivo principal do projeto de desenvolvimento é gerar os registros do período de medicamentos, representados pela tabela derivada padronizada OMOP drug_era. Essa tabela armazena os períodos calculados dos medicamentos, contendo informações agregadas sobre exposições a medicamentos agrupadas por pessoa, ingrediente do medicamento e janela de persistência. Ela representa períodos contínuos de exposição presumida a um princípio ativo específico, distintos dos registros individuais de exposição a medicamentos.

A tabela contém as seguintes colunas:

  • drug_era_id: identificador exclusivo para cada período de medicamento.

  • person_id: chave estrangeira que faz referência à pessoa exposta ao medicamento, com detalhes demográficos na tabela Pessoa.

  • drug_concept_id: chave estrangeira referente a um identificador de conceito padronizado para o princípio ativo.

  • drug_era_start_date: data de início do período de medicamentos, derivada da primeira exposição ao medicamento.

  • drug_era_end_date: data de término do período de medicamentos, com base na última exposição ao medicamento.

  • drug_exposure_count: número total de exposições a medicamentos durante o período de medicamentos.

  • gap_days: número de dias não cobertos pelos registros de exposição a medicamentos que contribuíram para o período de medicamentos.

Para gerar os registros do período de medicamentos, usamos as seguintes tabelas clínicas padronizadas OMOP:

  • Exposição a medicamentos: essa tabela contém os dados de exposição a medicamentos, incluindo drug_exposure_id, person_id, drug_concept_id,, drug_exposure_start_date, drug_exposure_end_date e days_supply.

  • Ancestral do Conceito: essa tabela armazena as relações hierárquicas entre conceitos em vários vocabulários, como RxNorm. Ela inclui a ancestor_concept_id (uma referência a um conceito de nível superior) e a descendant_concept_id (uma referência a um conceito de nível inferior), representando as conexões de conceito do mais amplo para o mais estreito.

  • Conceito: essa tabela contém os dados de conceito, incluindo concept_id, concept_name, domain_id,, vocabulary_id e concept_class_id.

Parâmetros de entrada de exemplo

  • primary_drug = 1596977 - insulin
  • secondary_drug = 1308216 - lisinopril
  • year = 2022

Saídas de notebook de exemplo

Quando você executa os dois notebook de exemplo, eles geram um histograma com uma distribuição da exposição secundária a medicamentos nos estratos de gênero e idade da população de pacientes identificada durante um período específico a partir da tabela OMOP derivada omop.drug_era. Neste exemplo, consideramos um período de um ano.

Uma imagem exibindo um histograma de exposição a medicamentos de exemplo.

Você pode usar a distribuição para analisar os seguintes aspectos:

  • Impacto da exposição por sexo e idade.
  • Distribuição mediana da população impactada.
  • Estatísticas descritivas para descrever as características da população.

Lembre-se

  • Para testar seus cenários personalizados, faça uma cópia dos notebooks de exemplo. Não atualize os notebooks diretamente.

  • O notebook de visualização usa os seguintes parâmetros que você pode configurar para executar diferentes análises:

    • primary_drug: o principal medicamento a ser analisado.
    • secondary_drug: o medicamento secundário a ser analisado.
    • yearo ano para o qual a análise deve ser realizada.

  • Executar o notebook do período de exposição a medicamentos várias vezes primeiro exclui todos os registros OMOP de drug_era existentes e, em seguida, recria os registros com base nos dados OMOP mais recentes .